Consegui resolver,
Caso alguém tenha um problema semelhante, o certo era colocar workstation.hierarchyItem.id
A uri ficou:
https://platform.senior.com.br/t/senior.com.br/bridge/1.0/rest/hcm/employeejourney/entities/employee?filter=dismissalDate+is+null+and+workstation.hierarchyItem.id+is+not+null&offset=0&size=90
Bom dia, retorna vazio.
Uma duvida que eu tive é que hierarchyItem esta dentro de workstation, o filtro fica ‘workstation.hierarchyItem’ mesmo?