Olá Guilherme.
Isto tem acontecido com os novos ambientes devido a uma mudança no layout padrão do Cloud9.
Infelizmente não temos como automatizar esta configuração, dado que o Cloud9 até o momento, não nos disponibiliza uma forma de efetuar este ajuste dinamicamente.
Desta forma, será necessário que você faça a configuração manualmente, acessando o Cloud9, abrindo a guia “Preferências” (engrenagem no canto superior direito) e na seção AWS Settings, desabilite o AWS toolkit.
Com isso, o layout do ambiente voltará ao formato antigo.
Até mais.
Roque Possamai